Genshiken segue a história de um grupo de estudantes colegiais unidos por seus hobbies em comum e suas experiências no mundo dos aficionados. A trama começa com a introdução de Kanji Sasahara, um calouro tímido e inseguro da universidade de Shiou que decide se juntar a um clube que aprecie de verdade o que ele é: um Otaku.
Nessa busca, o jovem conhece Kôsaka, um otaku de longa data, que o convida para conhecer seu grupo de estudos de cultura pop, o Genshiken. Ali, o rapaz conhece outras pessoas com os mesmo interesses que ele. Nada poderia dar errado, não é?