Fairy Tail acompanha a história do órfão Natsu que pequeno foi encontrado e criado por um dragão chamado Igneel. Misteriosamente após alguns anos, Igneel desaparece misteriosamente, o que leva Natsu a percorrer várias cidades em busca do pai adotivo, sempre acompanhado de Happy, um gatinho falante que possui asas.

Em uma dessas viagens de busca, o Natsu conhece Lucy, uma jovem atraente, cujo sonho era fazer parte de uma guilda – uma espécie de cooperativa que atua como mediadora de assuntos relacionados a trabalhos e informações para feiticeiros –, mais especificamente da Fairy Tail.

O sonho de Lucy não demorou muito para acontecer, pois Natsu acaba ajudando-a a entrar para o bando da Fairy Tail. Com isso a jovem se torna uma forte aliada na jornada em busca a Igneel. Juntamente com Gray e Elza, Natsu e Lucy irão enfrentar poderosos magos pertencentes a guildas das trevas, além de viverem muitas aventuras emocionantes.